SMPU Al-Yasini Kraton Pasuruan didirikan pada tanggal 19 Oktober 2004 dan terletak di dataran rendah pada ketinggian sekitar 200 meter di atas permukaan laut. Sekolah ini berjarak sekitar 10 km sebelah selatan ibukota kabupaten Pasuruan, tepatnya di desa Ngabar, kecamatan Kraton, yang berbatasan langsung dengan dusun Areng-areng di Sambisirah, kecamatan Wonorejo. SMPU Al-Yasini merupakan salah satu unit pendidikan yang berada dalam naungan Yayasan Miftahul Ulum Al-Yasini. Ini adalah sebagai bentuk respon positif terhadap keinginan masyarakat, terutama wali santri, yang menginginkan adanya lembaga pendidikan tingkat pertama selain Madrasah Tsanawiyah (MTs).

SMPU Al-Yasini Kraton Pasuruan berada didalam lingkungan Pondok Pesantren Miftahul Ulum Al-Yasini dimana siswanya (± 100%) tinggal di asrama pondok pesantren. Bagi siswa yang bermukim di asrama Pondok  Pesantren Terpadu Miftahul Ulum Al-Yasini dalam penyelenggaraan pendidikannya menerapkan full day school yakni pada pagi hari membuka pendidikan formal dilanjutkan dengan pendidikan diniyyah pada siang hari.

Pada Tahun Pelajaran 2011/2012 SMPU AL-YASINI menambah satu program unggulan yaitu sekolah berbasis IT, semua kegiatan belajar  mengajar menggunakan system online yang disebut sekolah online.

Pada Tahun Pelajaran 2014/2015 SMPU AL-YASINI disempurnakan menjadi sekolah berbasis SAINSTEK, dengan berubahnya nama tersebut sekolah terus menambah peralatan-peralatan SAINS guna dipraktikkan oleh siswa / siswi SMP UNGGULAN AL-YASLINI dan juga memperdalam pengetahuan tentang teknologi baru.

Pada Tahun Pelajaran 2017/2018 menambah program baru untuk membekali siswa / siswi SMP UNGGULAN AL-YASLINI dibidang teknologi yaitu ROBOTIC. 

kemudian yang terbaru tahun 2024 SMP Unggulan Al-Yasini membuka kelas Bahasa Inggris sehingga sekarang disingkat denga BATIK berbahasa dan TIK.